Autoillessa on tärkeää huomioida myös lemmikkieläinten oikea matkustustapa. Lemmikin kytkeminen kunnollisiin turvavaljaisiin tai laittaminen kuljetuslaatikkoon parantaa sekä eläimen itsensä että autossa matkaavien ihmisten turvallisuutta.
On hyvä opettaa oikea matkustustapa koiralle tai kissalle jo pennusta saakka. Matkustaminen on kaikille miellyttävämpää ja vältytään ylimääräisiltä riskitilanteilta, kun eläimellä on oma tuttu paikka autossa. Lemmikkejä saa kuljettaa tavaratilassa, jossa on avoin yhteys matkustajatilaan. Tämä vaatimus toteutuu esimerkiksi farmariautoissa. Tärkeää on kuitenkin varmistaa, ettei eläin pääse karkaamaan matkustajatilaan tai ovia avattaessa ulos. Henkilöauton umpinaisessa tavaratilassa ei saa eläimiä kuljettaa.
Jopa hitaassa nopeudessa tapahtuvassa kolarissa irrallaan oleva lemmikkieläin voi aiheuttaa suuren riskin matkustajille, puhumattakaan lemmikin omasta turvallisuudesta. 50 kilometrin tuntinopeudella törmäyspaino on jopa 40-kertainen. Onnettomuuspaikalla eläinten kohdalla on muistettava, että ne puolustavat itseään loukkaantuneina. Koira saattaa shokkitilassa purra jopa omistajaansa, joten on hyvä noudattaa erityistä varovaisuutta kun huolehditaan loukkaantuneesta eläimestä.
Suuremmat eläimet, kuten koirat, kulkevat kätevästi farmariauton tavaratilassa. Tavaratilan ja matkustamon väliin on saatavissa erilaisia koirakaltereita, joilla estetään koiran pääsy tavaratilasta matkustamoon. Henkilöautossa koira tulee kiinnittää autokäyttöön sopivilla koiravaljailla. On hyvä valita juuri autoiluun suunnitellut valjaat. Valjaita valittaessa kannattaa huomioida riittävän leveä ja kestävä nauha, jotta kohdistuva voima jakautuu mahdollisimman leveälle alueelle. Pienemmän eläimen voi autoillessa kuljettaa kuljetuslaatikossa, joka on tärkeää sijoittaa autoon niin, ettei se pääse liikkumaan. Hyvä paikka kuljetuslaatikolle on sijoittaa se esimerkiksi matkustamon jalkatilaan tukevasti penkkien väliin kiilaamalla.